据FDA官方网站报道其开展的一项调查显示，自普纳替尼获批以来，血栓和血管狭窄事件不断增加。在一项中位随访时间为1.3年的Ⅱ期临床试验以及一项中位随访时间为2.7年的Ⅰ期临床试验中，分别约有24%和48%的患者出现了严重不良血管事件，包括致命性和危及生命的心肌梗死、卒中、肢体血流中断致组织坏死，以及“肢体、心脏和大脑血管重度狭窄需要行紧急手术以恢复血流”。
 

　　无论是伴或不伴心血管危险因素的患者都出现了这类事件。试验中，67%的患者经普纳替尼治疗后出现了高血压；8%出现了心衰，包括致死性病例。而在2012年12月批准该药时，只有14%的患者出现血栓和血管狭窄事件。FDA建议，对治疗没有应答的患者应立即停药，与医生讨论其他治疗方案。如果患者对治疗有应答，并且“医生判定治疗的潜在效益大于其风险”。
 

　　2013年7月1日欧盟批准其用于与美国相同的适应证。2013年11月初，欧洲药品管理局（EMA）称其对普纳替尼所致动脉血栓情况进行了评估，发现它的副作用，如血管闭塞性事件（血凝块阻塞动脉或静脉）发生率高于欧盟在2013年7月给予其上市授权时观察到的情况。EMA药物警戒性风险评估委员会（PRAC）称，患者和医师可根据批准用途继续使用，但是要“更加小心谨慎”，并要密切监测血栓栓塞（静脉和动脉血液凝块形成）和血管闭塞的发生。PRAC建议，更新普纳替尼的产品信息，包括要加强心血管风险的警示，并在使用本品治疗前就要做好优化心血管治疗的指导。除产品信息修改外，PRAC还强调需对该药的利益–风险状况作深入讨论。
 

　　欧盟人用药委员会（CHMP）于2013年11月18～21日的会议上讨论了PRAC的建议，并形成“普纳替尼不应用于有心脏病或中风病患者中，除非潜在效益大于风险，而且即使使用，也必须在开始用药前积极控制住心血管风险因素”的用药风险控制建议，同时建议患者治疗期间应该控制好高血压，应密切监测患者血管闭塞或血管栓塞的发生。